Луиджи Рикарди 1 , Роза Мацзео 2,*©, Анджело Раffэел Маркотриджиано 1 , Гуглельмо Райнальди 3 , Паоло Иовьено 4 , Вито Зонно 1 , Стефано Паван 1© және Концетта Лотти 2,*
- 1 Топырақ, өсімдік және тағам ғылымдары кафедрасы, Бари университетінің өсімдік генетикасы және селекция бөлімі, Via Amendola 165/A, 70125 Бари, Италия; luigi.ricciardi@uniba.it (LR);angelo.marcotrigiano@uniba.it (ҚОЛ); vito.zonno@uniba.it (VZ); stefano.pavan@uniba.it (SP)
- 2 Ауыл шаруашылығы, тамақ және қоршаған орта ғылымдары департаменті, Фоджия университеті, Via Napoli 25, 71122 Foggia, Италия
- 3 Бари университетінің биоғылымдар, биотехнологиялар және биофармацевтика бөлімі, Виа Орабона 4, 70125 Бари, Италия; guglielmo.rainaldi@uniba.it
- 4 ENEA Trisaia ғылыми-зерттеу орталығы, SS 106 Ionica, км 419+500, 75026 Rotondella (MT), Италия, Энергетикалық технологиялар, биоэнергетика, биоөңдеу және жасыл химия бөлімі департаменті; paolo.iovieno@enea.it
* Хатшылық: rosa.mazzeo@unifg.it (RM); concetta.lotti@unifg.it (CL)
Аннотация:
Пияз (Allium cepa L.) дүние жүзінде екінші маңызды көкөніс дақылы болып табылады және денсаулыққа пайдасы үшін кеңінен бағаланады. Оның маңызды экономикалық маңыздылығына және функционалды тағам ретіндегі құндылығына қарамастан, пияз генетикалық әртүрлілігіне қатысты нашар зерттелген. Мұнда біз Бари провинциясындағы (Апулия, Италияның оңтүстігіндегі) шағын қалада ғасырлық өсіру тарихы бар «Аквавива қызыл пиязының» (ARO) генетикалық өзгеруін зерттедік. 11 ARO популяциясынан және үш жалпы коммерциялық типтен тұратын гермплазма топтамасындағы генетикалық вариацияны зерттеу үшін 13 микросателлиттік маркерлер жиынтығы пайдаланылды. Параметрлік және параметрлік емес әдістермен генетикалық құрылымды талдау ARO жиі қателесетін Tropea және Montoro ландрастарынан анық ерекшеленетін жақсы анықталған генофондты білдіретінін көрсетті. Әдетте жаңа піскен тұтыну үшін пайдаланылатын шамдардың сипаттамасын беру үшін жоғарыда аталған екі ландрасаға қатысты ARO-да жоғары тәттілікті көрсететін еритін қатты құрамы мен өткірлігі бағаланды. Тұтастай алғанда, осы зерттеу коммерциялық алаяқтықты шектеуге және шағын фермерлердің кірісін жақсартуға ықпал ететін сапа белгілері арқылы алға жылжуы мүмкін ARO-ны болашақта бағалау үшін пайдалы.
кіріспе
Allium тұқымдасына 750-ге жуық түр кіреді [1], олардың ішінде пияз (Allium cepa L., 2n = 2x =16) кең таралғандардың бірі. A. cepa екіжылдық циклді және репродуктивті мінез-құлықты шектейді. Қазіргі уақытта пияздың жаһандық өндірісі (97.9 миллион тонна) оны қызанақтан кейінгі екінші маңызды көкөніс дақылына айналдырады [2]. Ежелгі заманнан бері пияз пияздары тамақ ретінде де, халықтық емдік мақсатта да қолданылған. Шынында да, ежелгі мысырлықтар біздің эрамызға дейінгі 1550 жылғы медициналық папируста, Эберс кодексінде сарымсақ пен пиязды қолдануға негізделген бірнеше емдік формулаларды хабарлады [3].
Бұл жан-жақты және пайдалы көкөніс шикі, жаңа немесе өңделген өнім ретінде тұтынылады және көптеген тағамдардың дәмін жақсарту үшін қолданылады. Бірнеше соңғы зерттеулер пиязды тұтыну жүрек-қан тамырлары аурулары [4,5], семіздік [6], қант диабеті [7] және қатерлі ісіктің [8-10] әртүрлі түрлерінің қаупін азайтады деп мәлімдейді. Пияздың денсаулық қасиеттеріне көбінесе екі класты қоректік қосылыстардың жоғары деңгейлері жатады: флавоноидтар және алк(эн)илцистеин сульфоксидтері (ACSO). Бірінші класқа флавонолдар мен антоцианиндер кіреді. Кверцетин - негізгі анықталатын флавонол, оның күшті антиоксиданттық және қабынуға қарсы қасиеттерімен белгілі, бос радикалдарды жою және өтпелі металл иондарын байланыстыру. [11]; ал антоцианиндер кейбір пияз сорттарына қызыл/күлгін түс береді. ACSO-ға келетін болсақ, ең көп таралғаны изоаллиин [(+)-транс-S-1-пропенил-L-цистеин сульфоксиді] [12], пияздың өткір хош иісі мен дәміне жанама түрде жауап беретін жасушаларда сақталатын ұшпайтын және протеиногенді емес күкірт амин қышқылы. [13]. Тіндердің бұзылуынан кейін изоаллиин аллииназа ферментімен ыдырайды және ұшқыш қосылыстардың (пируват, аммиак, тиосульфонаттар және пропанетиалды S-оксиді) сериясын түзеді, олар жыртылуды тудырады және жағымсыз иіс (өткір) тудырады. [14]. Пияздың өткірлігі көбінесе гидролиз нәтижесінде түзілетін пирожүзім қышқылының жаңа салмағының грамына шаққанда мөлшері ретінде өлшенеді. [15,16].
Жерорта теңізі бассейнінің елдерінде екіншілік әртүрлілік орталықтарының бірі ретінде ұсынылған. A. cepa [17,18], пияз шамдары пішіні, өлшемі, түсі, құрғақ заты және өткірлігі бойынша кең өзгермелілікті көрсетеді [19-22]. Сонымен қатар, күкірт негізіндегі тыңайтқыштар, агротехникалық әдістер, топырақ түрі, климаттық жағдайлар және сорттардың немесе жер тұқымдарының генотипі ерекше органолептикалық және қоректік құндылықтарды бере отырып, пияздың сапасына әсер етуі мүмкін. [23-27]. Италияда пияз ұрықтарының кең болуына қарамастан, тек бірнеше пияз сорттары жиі ғылыми зерттеулерге ұшырайды және дұрыс сипатталады. [28,29].
Агробиоәртүрліліктің мұқият генетикалық және фенотиптік сипаттамасы өсімдіктердің генетикалық ресурстарын тиісті түрде сақтауды қамтамасыз ету және құн тізбегінде нақты генотиптерді пайдалануды ынталандыру үшін өте маңызды. [30-32]. Қарапайым ретті қайталау (SSR) маркерлері салыстыру үшін жиі таңдалады [33-35], ДНҚ саусақ ізі және сортты дискриминация [36-38], және жердік нәсілдердің ішіндегі және арасындағы генетикалық өзгергіштікті сенімді бағалау [39-42], өйткені олар локус-спецификалық, көп аллельді, кодоминантты түрде тұқым қуалайтын, жоғары репродуктивті және автоматтандырылған генотиптеу үшін қолайлы.
Осы зерттеуде біз Бари провинциясындағы Аквавива-делле Фонти қаласының шағын ауданында органикалық егіншілік әдістерімен өсірілетін «Аквавива қызыл пиязына» (ARO) дәстүрлі апулиандық жер тұқымына назар аудардық. (Апулия, Оңтүстік Италия). Бұл ландрастың шамдары үлкен және жалпақ және қызыл түсті және көбінесе жергілікті рецепттерде қолданылады. ARO «Slow Food Presidium» сапа белгісіне ие болғанымен, оның өндірісі Еуропалық Одақтың қорғалған географиялық көрсеткіш (PGI) және қорғалған шығу тегі (POD) сияқты сапа белгілерімен одан әрі ілгерілетілуі және қорғалуы мүмкін, себебі бұл өнімдерді шектеуге ықпал етуі мүмкін. коммерциялық алаяқтық және шағын фермерлердің кірісін жақсарту. Бұл жерде SSR молекулалық маркерлері ARO популяциялары арасындағы генетикалық вариацияны бағалау және бұл жерді басқа екі оңтүстік итальяндық қызыл пияз ландрастарынан ажырату үшін қуатты құрал ретінде пайдаланылды. Сонымен қатар, біз нарықтық сұранысқа байланысты ARO дәмін бағалау үшін өткір және еритін қатты құрамын бағаладық.
нәтижелері
Acquaviva қызыл пиязының гермплазмасының коллекциясын құру және морфологиялық сипаттамасы
BiodiverSO Apulia Region жобасы аясында фермерлер сыйға тартқан ARO жердегі 13 популяциясының тұқымдары ARO ұрық плазмасының коллекциясын құру үшін пайдаланылды.
Пиязшыққа, теріге және етге қатысты морфологиялық дескрипторлар ARO ұрықтарында және үш пияз жердесі бойынша жиналды, екеуі «Тропа қызыл пиязы» (TRO) ландрасасына және біреуі «Монторо мыс пиязына» (MCO) тиесілі (сурет). 1). Барлық ARO шамдары жалпақ болды және қызыл сыртқы терісімен және қызыл түстің әртүрлі реңктері бар етімен сипатталды. Керісінше, TRO шамдарының еті толығымен қызыл болды, ал MCO шамдарының еті нашар пигментацияланған (S1 кесте). Биохимиялық талдау қатты еритін құрамы мен өткірлігін бағалауға мүмкіндік берді. Кестеде көрсетілгендей 1, ARO популяцияларындағы шамдардың қатты еритін мөлшерінің орташа мәні 7.60 болды және 6.00 (ARO12) мен 9.50° Brix (ARO11 және ARO13) аралығында болды. Бұл мән TRO және MCO ландрейстері үшін есептелген мәннен жоғары болды (тиісінше 4.25 және 6.00° Brix).
Кесте 1. «Acquaviva Red Onion» (ARO), «Tropea Red Onion» (TRO) және «Montoro Copper Onion» (MCO) популяцияларында бағаланған қатты еритін мазмұн және өткірлік мәндері *.
КОД | Еритін қатты зат құрамы (брикс) | өткірлік (pмолг-1 FW) | ||
Орташа мәні | CV y (%) | Орташа мәні | CV y (%) | |
АРО1 | 6.25 D * | 5.65 | 5.84 ab * | 23.78 |
АРО2 | 7.25 тұрақты ток | 4.87 | 6.51 а | 22.98 |
АРО3 | 7.50 б.э.д | 9.42 | 5.28 аб | 22.88 |
АРО4 | 7.50 б.э.д | 0.00 | 6.97 а | 3.74 |
ARO 5 | 7.50 б.э.д | 0.00 | 6.80 а | 9.68 |
АРО6 | 6.25 D | 5.65 | 4.51 аб | 39.18 |
АРО7 | 7.25 тұрақты ток | 4.87 | 5.25 аб | 15.44 |
АРО8 | 9.00 AB | 0.00 | 7.04 а | 3.49 |
АРО9 | 8.25ABC | 4.28 | 6.84 а | 0.15 |
АРО10 | 7.00 тұрақты ток | 0.00 | 5.94 аб | 6.57 |
АРО11 | 9.50 A | 7.44 | 5.54 аб | 16.43 |
АРО12 | 6.00 D | 0.00 | 4.91 аб | 9.70 |
АРО13 | 9.50 A | 7.44 | 6.63 а | 24.93 |
МКҰ | 6.00 D | 0.00 | 4.18 аб | 2.66 |
TRO1 | 4.25 E | 8.31 | 2.80 b | 2.10 |
TRO2 | 4.25 E | 8.31 | 4.28 аб | 4.79 |
* Бас әріптермен немесе кіші әріптермен бірдей әріптері бар құралдар сәйкесінше 0.01P немесе 0.05P кезінде статистикалық түрде ерекшеленбейді (SNK сынағы). y Вариация коэффициенті.
Құрамындағы пирожүзім қышқылы арқылы бағаланған ARO өткірлігінің орташа мәні 6.00 болды, 4.51 пмоль г аралығында болды.-1 FW (ARO6) – 7.04 (ARO8). Бұл мән TRO және MCO ландрастарында есептелген мәннен жоғары болды (3.54 пмоль г-1 FW және 4.18 пмоль г-1 FW, сәйкесінше).
SSR полиморфизмі және қосылулар арасындағы генетикалық байланыстар
Осы зерттеуде сыналған 11 SSR праймер комбинациясының 37-і бір локусты полиморфизмді қамтамасыз етті, яғни бір индивидте ең көбі екі күшейту өнімін береді. Жалпы алғанда, бір локуста аллельдердің саны 55-ден (ACM320 және ACM 2) 147-ге дейін (ACM504) және 11 аллельдің орташа мәні бар 132 адамда 5 аллель анықталды (Кесте). 2). Жеке популяцияларда аллельдердің (Na) саны 1.94 (ACM147 және ACM504) пен 5.38 (ACM132) аралығында, ал аллельдердің тиімді саны (Ne) 1.41 (ACM152) мен 2.82 (ACM449) аралығында болды. Сәйкессіздіктер Na және Ne арасындағы мәндер популяцияларда төмен жиіліктегі аллельдердің болуына және тек бірнеше аллельдердің басым болуына байланысты болды. Ең жоғары байқалған гетерозиготалық (Ho) мәні ACM138 және ACM449 (0.62) үшін бөлектелді, ал ең төменгісі ACM152 (0.25) үшін байланысты болды. Панмиктикалық популяциядағы теориялық күтуге сәйкес келетін күтілетін гетерозиготалық (He) 0.37 (ACM504) пен 0.61 (ACM132, ACM138 және ACM449) аралығында болды. Райттың фиксация индексі (Fis) барлық маркерлер үшін нөлге жақын мәндерді (орташа 0.05) көрсетті, бұл бақыланатын және күтілетін гетерозиготалылық деңгейлері арасындағы ұқсас мәндерді көрсетеді, бұны асып түсетін түр үшін күтілгендей. Жеке SSR маркерінің генетикалық саусақ іздерін алудағы тиімділігі орташа мәні 0.48 және 0.33 (ACM504) пен 0.67 (ACM132) аралығындағы полиморфты ақпарат мазмұны (PIC) индексімен бағаланды. Басқа тиімділік индексі, Шеннонның ақпараттық индексі (I) 0.84 орташа мәнді көрсетті және болжанған мәндер 0.45 (ACM152) мен 1.20 (ACM132) аралығында болды.
Кесте 2. ARO, TRO және MCO популяцияларындағы генетикалық әртүрлілікті бағалау үшін пайдаланылатын 11 SSR маркерінің полиморфизм ерекшеліктері. Аллельдердің жалпы саны (Na), жолақ өлшемі диапазоны және полиморфты ақпарат мазмұны (PIC) индексі Осы зерттеуде генотиптелген 320 жеке тұлғалардың жалпы жинағын қараңыз. Аллельдер саны (Na), тиімді аллельдер саны (Ne), байқалатын гетерозиготалық (Ho), күтілетін гетерозиготалық (He), фиксация индексі (F)is) және Шеннонның ақпараттық индексі (I) әрқайсысы 16 жеке адам құрайтын 20 популяциядан есептелген орташа мәндерге сілтеме жасайды.
Локус. | Жалпы Na | Өлшем диапазоны (bp) | PIC | Орташа мәні | |||||
Na | Ne | Ho | He | I | Fis | ||||
ACM91 | 4 | 189-205 | 0.40 | 2.63 | 1.72 | 0.38 | 0.39 | 0.66 | 0.04 |
ACM101 | 4 | 229-241 | 0.52 | 2.94 | 2.37 | 0.53 | 0.56 | 0.92 | 0.06 |
ACM132 | 11 | 186-248 | 0.67 | 5.38 | 2.78 | 0.55 | 0.61 | 1.20 | 0.09 |
ACM138 | 5 | 242-272 | 0.66 | 3.69 | 2.82 | 0.62 | 0.61 | 1.09 | -0.02 |
ACM147 | 2 | 264-266 | 0.37 | 1.94 | 1.83 | 0.44 | 0.44 | 0.62 | -0.01 |
ACM152 | 4 | 228-244 | 0.25 | 2.38 | 1.41 | 0.25 | 0.27 | 0.45 | 0.07 |
ACM235 | 4 | 286-298 | 0.41 | 2.81 | 1.77 | 0.44 | 0.41 | 0.72 | -0.06 |
ACM446 | 6 | 108-120 | 0.56 | 3.50 | 2.48 | 0.49 | 0.58 | 1.01 | 0.16 |
ACM449 | 8 | 120-140 | 0.66 | 4.88 | 2.82 | 0.62 | 0.61 | 1.18 | -0.03 |
ACM463 | 5 | 202-210 | 0.47 | 3.38 | 1.95 | 0.46 | 0.48 | 0.83 | 0.05 |
ACM504 | 2 | 188-192 | 0.33 | 1.94 | 1.64 | 0.30 | 0.37 | 0.54 | 0.20 |
Орташа мәні | 5 | 0.48 | 3.22 | 2.15 | 0.46 | 0.48 | 0.84 | 0.05 |
Популяциялар арасында ARO3, ARO6, ARO8, ARO10, TRO1 және MCO генетикалық вариацияның жоғары деңгейін көрсетті (Ho > 0.5), ал ең төменгі әртүрлілік ARO7 популяциясында (Ho = 0.27) байқалды (Қосымша кесте S2). Тұтастай алғанда, барлық қосылулар Fis нөлге жақын мәндер (Fis орташа мән = 0.054), кездейсоқ жұптау жағдайында күтілгендей.
Молекулярлық дисперсия мен генетикалық құрылымды талдау
Популяциялар арасындағы және популяциялар ішіндегі генетикалық вариацияны иерархиялық бөлу AMOVA көмегімен есептелді. Нәтижелер популяциялардағы генетикалық вариацияның айтарлықтай бөлігін (87%) көрсетті. Популяциялар арасындағы вариация, 13%, өте маңызды болды (P < 0.001) (Кесте 3). 0.002 (ARO2/ARO10) мен 0.468 (ARO7/TRO2) аралығындағы Wright's Fst бекіту индексінің аналогы болып табылатын Fpt параметрінің жұптық мәндері маңызды болды (P < 0.05), тоғыз жұптық салыстыруды қоспағанда (Қосымша кесте S3).
Кесте 3. 320 популяцияның 16 генотипінің молекулалық дисперсиясын талдау allium cepa L.
қайнар көз | df | Квадраттардың қосындысы | Дисперсияны бағалау | Дисперсия (%) | Fpt | P |
Популяциялар арасында | 15 | 458.63 | 1.16 | 13% | ||
Популяциялар ішінде | 304 | 2272.99 | 7.50 | 87% | 0.134 | 0.001 |
жалпы | 319 | 2731.62 | 8.66 |
Генетикалық құрылымды зерттеу A. cepa осы зерттеуде генотиптелген жинақ бағдарламалық құрал ҚҰРЫЛЫМында енгізілген қоспа үлгісіне негізделген кластерлік талдау арқылы орындалды. Эванно АК әдісі екі кластерге (K = 2) бөлуді ұсынды. мәліметтер базасы,мыңe Келесі ең жоғары PEак және К = 5 (Қосымша Rgure S1). А үшін K = 2, aа.к.opережелер wәйтпесеigned o дейінnжәнеf екі кластер бірге а rnernbertoip коэффициенті (q) > 0.7. ретінде shown in сан 2a, бірінші кластерге (S1 деп аталады) МКҰ және барлық ARO популяциялары кірді, ал S2 кластері екі TRO популяциясын топтаған. K = 5 кезінде деректер жиынының тереңірек сипаттамасын береді (сурет 2b), қосылулардың 75%-ы бес кластердің біріне берілді. ARO (S1) және TRO (S2) арасындағы бөлу расталды, дегенмен кейбір ARO популяциялары араласқан (q <0.7) немесе екі жаңа S3 және S4 кластерінде (тиісінше ARO7 және ARO12) бөлек топтастырылған. Бір қызығы, МКҰ коммерциялық түрі апулиандық қызыл пияздан бөлінген ерекше кластерді (S5) құрады.
Популяциялар арасындағы генетикалық байланыстар
SSR полиморфизмі генетикалық әртүрліліктің дендрограммасын салуға мүмкіндік берді және филогенетикалық талдау нәтижелері суретте көрсетілген. 3a. Мұнда гермплазмалар жинағы жүктелу мәндерімен қатты қолдау көрсететін бес топқа бөлінді. ARO7 және ARO12 популяциялары қалған популяциялардан бірден бөлініп, екі ерекше кластерді құрады. Үшінші кластерге TRO екі коммерциялық популяциясы кірді, ал төртінші түйін МКҰ-ны он бір ARO популяциясынан бөлді. Популяциялар арасында пайда болатын генетикалық байланыс негізгі координаталық талдау (ПКоА) арқылы қосымша зерттелді (Сурет 3b). Бұрын атап өтілгендей, PCoA учаскесінде оқшауланған позицияларда пайда болған ARO12 және ARO7 қоспағанда, ARO популяциялары тығыз топтастырылған. Екі TRO және MCO популяциялары сюжеттің төменгі оң жақ панелінде шашыраңқы болды.
Сурет 3. 16 арасындағы генетикалық әртүрлілік A. cepa олардың SSR профиліне негізделген осы зерттеуде сипатталған популяциялар. (a) генетикалық қашықтықтың UPGMA дендрограммасы. Bootstrap қолдау мәндері >50 сәйкес түйіндердің үстінде көрсетілген; (b) негізгі құрамдас талдау (PCoA). Қызыл түспен дөңгеленген кластер филогенетикалық талдау нәтижесінде құрылған және 11 ARO қосылуынан тұратын топқа толығымен сәйкес келеді.
талқылау
Оңтүстік Италияда дәстүрлі түрде өсірілетін агробиоәртүрліліктің үлкен көлемінің ішінде пияз ландрассы генетикалық эрозия қаупінен және заманауи сорттармен алмастыру қаупінен сақталуы қажет тауашалық өнімдер болып табылады. Жергілікті мұрамен тығыз байланысты Апулия аймағының генетикалық ресурстарын жинауға, сипаттауға, ілгерілетуге және сақтауға бағытталған аймақтық BiodiverSO жобасы аясында біз ARO жер бетіндегі 13 популяциядан тұратын тұқым коллекциясын құрдық. Біз ДНҚ полиморфизмі және екі биохимиялық параметр, ерігіш қатты және пирожүзім қышқылының құрамы, дәм қасиеттеріне байланысты және жаңа піскен өнімдерді қабылдау үшін маңыздылығы тұрғысынан ARO вариациясының бірінші бағасын хабарладық. Сонымен қатар, ARO ландрасы туралы деректер ол жиі қателесетін басқа екі пигментті пияз ландрасы бойынша жиналған деректермен салыстырылды.
Биохимиялық талдаулар тәтті пияз өнеркәсібінің нұсқауларына сәйкес 13 ARO популяциясының тәттілігін көрсетті, олар жоғары еритін қатты құрамға және орташа өткірлікке байланысты. [31]. ARO шамдары TRO және MCO ландрасстарына қарағанда тәтті болды және сәл жоғары өткірлікті көрсетті. Дегенмен, пияздағы тәттілік қант құрамы мен өткірлігі арасындағы тепе-теңдікке байланысты, сондықтан бұл сипаттама әдетте тек морфология негізінде фермерлер жүргізетін құнды генотиптерді таңдауды қолдау үшін пайдалы болуы мүмкін.
SSR маркерлері Аквавива делле Фонти қаласы сияқты тар өсетін аумақта жиналған болса да, генотиптерді ажырату үшін пайдалы құрал екендігі расталды. Таңдалған маркерлер бұрын хабарлаған маркерлерге қарағанда аллельдердің көп санын көрсетті [43] және [44], бірақ хабарлаған маркерлерден төмен [45]. Сонымен қатар, маркерлер жинағының 50%-ы PIC индексінің 0.5-тен жоғары мәндерін көрсетті, бұл коллекциядағы популяцияларды кемсітуге жарамды екенін дәлелдеді. [46]. Популяциялардағы әртүрлілікті бағалау Хо мен Хе арасындағы ұқсас мәндерді анықтады, нәтижесінде Fi төменs құндылықтар. Бұл қиылысу сипатына сәйкес келеді A. cepa, туыстық депрессиядан қатты зардап шегеді [47]. Жалпы Fis Осы зерттеуде қарастырылған пияз популяцияларында есептелген мән (0.054) бұрын хабарлаған мәннен төмен болды. [45] (0.22) және тапқанмен бірдей дерлік [31] (0.08) және [48] (0.00) сәйкесінше Испанияның солтүстік-батысындағы және Нигерден келген пияз тұқымдарының генетикалық әртүрлілігін бағалаған. ARO популяцияларындағы гетерозиготалықтың маңызды деңгейлері Апулия көптеген бау-бақша түрлерінің әртүрлілік орталығы болып табылады деген түсінікті нығайтады. [32, 42, 49-51].
AMOVA осы зерттеуде генотиптелген коллекциядағы молекулалық вариацияның көпшілігі популяцияларда болатынын атап өтті. Алайда популяциялар арасында айтарлықтай генетикалық дифференциация (ФPT құндылықтар) генетикалық стратификацияның пайда болуын анықтады. Шындығында, біздің нәтижелеріміз жақсы анықталған кластерді құра отырып, ARO популяцияларының көпшілігінде генетикалық біркелкіліктің болуын көрсеткенімен, ARO7 және ARO12 популяциялары айқын генетикалық профильді көрсетті. Бұл нәтиже популяцияларды жинаған екі фермер пайдаланатын тұқымдардың басқа шығу тегіне байланысты болуы мүмкін. Сонымен қатар, алынған нәтижелерге сүйене отырып, ARO ландрасы генетикалық деңгейде TRO және MCO ландрастарынан анық ерекшеленеді деп санауға болады. Жақында жүргізілген зерттеуде, [29] «Acquaviva», «Tropea» және «Montoro» сияқты бірнеше итальяндық пияз тұқымдарының генетикалық әртүрлілігін бағалады. Авторлар кеңірек пияз топтамасының генетикалық әртүрлілігін бағалау үшін SNP маркерлерін пайдаланғанымен, генотиптеу «Acquaviva» «Tropea» және «Montoro» пияздарынан ажырата алмады. Мүмкін, бұл сәйкессіздік табылған орташа PIC мәніне (0.292) байланысты болуы мүмкін, бұл талданатын локустардың қарапайым жалпы ақпараттылығын болжайды. [29]. Сонымен қатар, олардың итальяндық кластерінде қосалқы құрылымның бар-жоғын зерттеу үшін итальяндық генотиптерді жинақтың қалған бөлігінен бөлек талдаған дұрыс болар еді. Мүмкін бұл эмпирикалық сұрыптау кезінде географиялық стратификацияға немесе белгілерге байланысты генетикалық әртүрлілік үлгісін елестетуге мүмкіндік берген болар еді.
Қорытындылай келе, бұл зерттеу жергілікті мәдени мұрамен байланысты және фермерлер үшін экономикалық маңыздылығы бар пияз жері туралы жан-жақты есеп береді. Біздің нәтижелеріміз, кейбір ерекшеліктерді қоспағанда, ARO генетикалық эрозия қаупінен сақтауға лайықты нақты анықталған гендік қормен сипатталатынын көрсетеді. Сондықтан генетикалық әртүрліліктің осы құнды көзінің репрезентативті топтамасын құру өте маңызды болды. Ақырында, ARO-ның генетикалық және фенотиптік сипаттамасы Еуропалық Одақ сапа белгілерін алу үшін пайдалы болуы мүмкін.
Материалдар мен әдістер
Гермплазма жинау, өсімдік материалы және ДНҚ экстракциясы
ARO жердегі 13 популяциясының жиынтығы Апулия аймағы жобасының аясында сатып алынды (BiodiverSO: https://www.biodiversitapuglia.it/), Италияның Бари провинциясындағы шағын Апулия қаласында «Acquaviva delle Fonti» қаласында орындалған бірқатар миссиялар арқылы. Әрбір қосылуды жинау орындары Географиялық Ақпараттық Жүйе (ГАЖ) арқылы картаға түсіріліп, Кестеде көрсетілген 4. Сонымен қатар, ТРО жердегі екі популяция және МДҰ жердегі бір популяция осы зерттеуге енгізілді және сілтеме ретінде пайдаланылды. Барлық өсімдік материалы Бари университетінің «П Мартуччи» тәжірибелік фермасында (41° 1'22.08″ ш., 16°54'25.95″ шығыс) қоршаған ортаның бірдей жағдайында өсірілді. популяциялар мен шыбындар арқылы популяция ішілік тозаңдануды қамтамасыз ету (Люцилия Цезарь). 16 популяция пияздың өлшемі мен пішініне, терісі мен етінің түсіне байланысты белгілер бойынша сипатталды (S1 кесте). Сонымен қатар, қатты еритін мазмұнды талдау қол рефрактометрімен орындалды және өткірлік 2,4-динитрофенилгидразин (0.125%) қосылған пияз шырыны үлгілерінде өлшенді. v/v 2N HCl) және 420 нм абсорбцияны бағалау. [31]. Маңызды айырмашылықтардың болуын анықтау үшін Дунканның көп диапазондық сынағы және SNK сынағы жүргізілді.
Кесте 4. Осы зерттеуде жиналған және генотиптелген популяциялардың тізімі. Әрбір популяция үшін сәйкестендіру коды, жергілікті атау, GPS координаты және тұқымдарды сақтайтын гендік банк туралы есеп беріледі.
код | Толық аты-жөніңіз | GPS координаттары | Гендік банк y |
АРО1 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54’21.708″ N 16°49’1.631” E | Di.SSPA |
АРО2 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°53’14.28″ N 16°48’56.879” E | Di.SSPA |
АРО3 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54’11.304″ N 16°49’13.079” E | Di.SSPA |
АРО4 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54’3.348″ N 16°40’27.011” E | Di.SSPA |
АРО5 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°51’59.76″ N 16°53’0.527” E | Di.SSPA |
АРО6 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°52’48.72″ N 16°49’43.247” E | Di.SSPA |
АРО7 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°53’13.47″ N 16°50’23.783” E | Di.SSPA |
АРО8 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°53’18.816″ N 16°49’33.888” E | Di.SSPA |
АРО9 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54«51.372″ N 16°49«3.504« E | Di.SSPA |
АРО10 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54’1.188″ N 16°49’24.311” E | Di.SSPA |
АРО11 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°52«49.8″ N 16°49«48.575« E | Di.SSPA |
АРО12 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°52’38.892″ N 16°49’28.379” E | Di.SSPA |
АРО13 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°53’21.768″ N 16°49’29.711” E | Di.SSPA |
TRO1 | Cipolla rossa lunga di Tropea | - | Di.SSPA |
TRO2 | Cipolla rossa tonda di Tropea | - | Di.SSPA |
МКҰ | Циполла рамата ди Монторо | - | Di.SSPA |
y Di.SSPA, Бари университетінің Топырақ, өсімдік және тағам ғылымдары кафедрасы. |
Популяцияға 20 генотипті жапырақ материалы сынама алынды және пайдаланылғанға дейін -80 °C температурада сақталды. Полисахаридтерге бай түрлер үшін, сияқты A. cepa, Полисахаридті жоюдың алғашқы қадамдары сапалы ДНҚ алу үшін өте маңызды, сондықтан STE буферінде (0.25 М сахароза, 0.03 М Трис, 0.05 М ЭДТА) бастапқы жуу келесі сипатталғандай орындалды. [52]. Жалпы ДНҚ CTAB әдісі бойынша экстракцияланды [53] және ақырында оның сапасы мен концентрациясы Nano Drop 2000 UV-виз спектрофотометрімен (ThermoScientific, Waltham, MA, АҚШ) және 0.8% агарозды гель электрофорезімен тексерілді.
SSR талдауы
әзірлеген 16 EST-SSR праймер комбинациясы [54] және бұрын генетикалық әртүрлілікті зерттеулерде сыналған [43] және [44] және 21 геномдық КСР [45-55] жарамдылығын бағалау үшін скринингтен өтті (Қосымша кесте S4). Генотиптеу әрбір алға SSR праймеріне M13 құйрығы қосылатын экономикалық флуоресцентті тегтеу әдісі арқылы орындалды. [56]. ПТР қоспалары 20 гЛ реакцияда дайындалды: 50 нг жалпы ДНҚ, 0.2 мМ dNTP қоспасы, 1X ПТР реакция буфері, 0.8 U DreamTaq ДНҚ полимераза (Thermo Scientific, Waltham, MA, АҚШ), 0.16 гМ кері праймер , M0.032 тізбегімен ұзартылған 13 гМ алға праймер (5′-TGTAAAACGACGGCCAGT-3′) және FAM немесе NED флуоресцентті бояулармен таңбаланған әмбебап M0.08 праймерінің 13 гМ (Сигма-Олдрих, Сент-Луис, МО, АҚШ). ПТР реакциялары SimpliAmp (Applied Biosystems, CA, USA) термоциклінде орындалды, көптеген праймер жұптары үшін келесі шарттар орындалды: 94 °C 5 минут, 40 цикл 94 °C температурада 30 секунд, 58 °C. 45 с және 72 °C 45 с және соңғы ұзарту 72 °C 5 мин. ACM446 және ACM449-ға келетін болсақ, 60 цикл ішінде 55 °C-тан 10 °C-қа дейінгі күйдірумен, 30 °C температурада 55 циклмен, содан кейін 5 °C температурада 72 минутқа соңғы ұзартумен жанасу ПТР қолданылды. ПТР өнімдері 96 шұңқырлы пластинаға салынды және 14 гЛ Hi-Di формамиді (Life Technologies, Carlsbad, CA, АҚШ) және 0.5 гL GeneScan 500 ROX Size Standard (Life Technologies, Карлсбад, CA, АҚШ) араластырылды. Ампликондар ABI PRISM 3100 Avant Genetic Analyzer (Life Technologies, Карлсбад, CA, АҚШ) капиллярларды секвенирлеу машинасы арқылы шешілді, мұнда аллельдер ко-доминантты ретінде бағаланды және GeneMapper бағдарламалық құралының 3.7 нұсқасы арқылы тағайындалды.
GenAlEx 6.5 бағдарламалық құралдары [57] және Cervus 3.0.7 [58] аллельдердің санын (Na), тиімді аллельдердің санын (Ne), байқалған гетерозиготтылықты (Ho), күтілетін гетерозиготтылықты (He), полиморфтық ақпарат мазмұнын (PIC), Шеннонның ақпараттық индексін (I) және бекіту индексін (Fis) бағалау үшін пайдаланылды. ) әрбір SSR локусы үшін.
Генетикалық әртүрлілікті бағалау
Пияз популяциялары арасындағы және ішіндегі генетикалық вариацияны иерархиялық бөлу GenAlEx 6.5 арқылы бағаланды. [57] маңыздылығын тексеру үшін 999 жүктеу арқылы молекулалық дисперсияны (AMOVA) талдау арқылы. Сонымен қатар, GenAlEx 6.5 бағдарламалық құралы барлық SSR локустары бойынша Ho, He және Fis орташа мәнін есептеу арқылы әрбір популяциядағы әртүрлілікті бағалау үшін пайдаланылды.
Популяция құрылымы STRUCTURE v.2.3.4 бағдарламалық құралында енгізілген Байес үлгісіне негізделген кластерлеу алгоритмі арқылы шығарылды. [59]. Деректер жинағы 1-ден 10-ға дейінгі бірнеше гипотетикалық кластерлермен (K) іске қосылды, әрбір K мәніне он тәуелсіз жүгіріс орнатылды. Нәтижелердің сәйкестігін тексеру мақсатында әрбір жүгіріс үшін популяциялар арасында қоспа үлгісі және тәуелсіз аллель жиіліктері бойынша 100,000 100,000 бастапқы күйіп кету кезеңі және XNUMX XNUMX Марков тізбегі Монте-Карло (MCMC) итерациялары орындалды. Ең ықтимал K мәні сипатталған АК әдісін орындау арқылы анықталды [60], веб-негізделген бағдарламада ҚҰРЫЛЫМ ОРГАН [61]. Жеке топ белгілі бір кластерге оның мүшелік коэффициенті (q-мәні) 0.7-ден жоғары болған кезде тағайындалды, әйтпесе ол аралас текті деп саналды.
Негізгі координаталық талдау Нейдің генетикалық қашықтық матрицасы арқылы анықталған қосылулар арасындағы генетикалық қатынастың үлгілерін визуализациялау мақсатында орындалды (қосымша кесте S5). Аллельдік жиіліктер негізінде POPTREEW бағдарламалық құралында арифметикалық орташа мәндер (UPGMA) кластерлік талдауы бар салмақсыз жұптық топ әдісін жүзеге асыра отырып, генетикалық қашықтықтың дендрограммасы жасалды. [62]. Деректер жиынының 100 қайта үлгісін орнату арқылы иерархиялық кластерлеуге сенімділікті бағалау үшін жүктеу қолданылды. Соңында, MEGA X бағдарламалық құралы [63] ағаш сызу бағдарламасы ретінде пайдаланылды.
Қосымша материалдар: Төменде онлайн режимінде қол жетімді http://www.mdpi.com/2223-7747/9/2/260/s1. S1 кесте: ARO, MCO және TRO шамдарының морфологиялық сипаттамасы. S2-кесте: ARO ландрастары мен TRO және MCO ландрастары үшін есептелген гетерозиготалық және бекіту индекстері. S3 кесте: Fpt параметрінің жұптық мәндері. S4-кесте: Зерттеуде пайдаланылған SSR тізімі. S5 кестесі. Ней генетикалық қашықтықтың жұптық популяциялық матрицасы. S1 сурет: Эванноның Delta K көмегімен өзгеретін K мәндерінің сызықтық диаграммасы.
Автор жарналары: CL және LR зерттеуді ойлап тапты және экспериментті құрастырды; CL және PI молекулалық маркерлік талдауды жүргізді; ARM және VZ далалық сынақтарды орындады; Деректерді талдауға RM, SP, GR және CL қатысты; RM және CL қолжазбаны жазды. Барлық авторлар қолжазбаның жарияланған нұсқасымен танысып, келісті.
Қаржыландыру: Бұл жұмыс «Апулия көкөніс түрлерінің биоәртүрлілігі» Аймақтық Апулия жобасымен қаржыландырылды — Programma di Sviluppo Rurale per la Puglia 2014-2020. Мисура 10—Соттомисура 10.2; грант CUP H92C15000270002, Италия.
Алғыстар: «Azienda Agricola Iannone Anna» және «Associazione produttori della vera cipolla rossa di Acquaviva» тәжірибеде пайдаланылған өсімдік материалдарын қамтамасыз еткені үшін алғыс білдіреміз.
Мүдделер қақтығысы: Авторлар мүдделер қақтығысын жарияламайды.
Әдебиеттер тізімі
- 1. Стерн, ВТ Аллиумның қанша түрі белгілі? Кью Мэг. 1992, 9, 180-182 жж. [CrossRef]
- 2. FAOSTAT. ФАО статистикалық базасы. Интернетте қолжетімді: http://www.fao.org/2017 (8 жылдың 2019 қаңтарында қол жетімді).
- 3. Блок, Е. Сарымсақ пен пияздың химиясы. Ғалымдар Мен 1985, 252, 114-119 жж. [CrossRef]
- 4. Ли, Б.; Юнг, Дж. Ким, HS Егеуқұйрықтардағы антиоксиданттық белсенділікке қызыл пиязды бағалау. Азық-түлік хим. Токсикол. 2012, 50, 3912-3919. [CrossRef]
- 5. Ли, СМ; Мун, Дж.; Чунг, Дж. Ча, ЮДж; Шин, MJ Кверцетинге бай пияз қабығы сығындыларының егеуқұйрықтардағы артериялық тромбозға әсері. Азық-түлік хим. Токсикол. 2013, 57, 99-105. [CrossRef] [PubMed]
- 6. Йошинари, О.; Шиодзима, Ю.; Igarashi, K. Зукер диабеттік майлы егеуқұйрықтардағы пияз сығындысының семіздікке қарсы әсері. Қоректік заттар 2012, 4,1518-1526. [CrossRef]
- 7. Акаш, МШ; Рехман, К.; Chen, S. Spice өсімдік Allium cepa: 2 типті қант диабетін емдеуге арналған диеталық қосымша. тамақтандыру 2014, 30, 1128-1137 жж. [CrossRef] [PubMed]
- 8. Ван, Ю.; Тиан, WX; Ma, XF пияздың ингибиторлық әсері (Allium cepa L.) май қышқылы синтазасын тежеу арқылы рак клеткалары мен адипоциттердің пролиферациясына сығынды. Азиялық Пак. J. Қатерлі ісік Алдыңғы. 2012,13, 5573-5579. [CrossRef] [PubMed]
- 9. Лай, Дүниежүзілік соғыс; Хусу, SC; Чуе, ФС; Чен, YY; Ян, JS; Лин, Жапония; Лиен, АҚШ; Цай, CH; Chung, JG Quercetin NF-kappaB және матрицалық металлопротеиназа-2/-9 сигналдық жолдарын тежеу арқылы SAS адамның ауыз қуысының қатерлі ісік жасушаларының миграциясы мен инвазиясын тежейді. Қатерлі ісікке қарсы рес. 2013, 33, 1941-1950 жж. [PubMed]
- 10. Никастро, HL; Росс, SA; Milner, JA Сарымсақ және пияз: олардың қатерлі ісіктің алдын алу қасиеттері. Қатерлі ісік Алдыңғы. Res. 2015, 8,181-189. [CrossRef]
- 11. Форте, Л.; Торричелли, П.; Боанини, Э.; Газзано, М.; Рубини, К.; Фини, М.; Bigi, A. Кверцетинмен функционалдық гидроксиапатиттің антиоксиданттық және сүйек қалпына келтіру қасиеттері: in vitro остеобласт-остеоклас-эндотелий жасушаларының бірлескен мәдениетін зерттеу. Acta Biomater. 2016, 32, 298-308. [CrossRef]
- 12. Ямазаки, Ю.; Ивасаки, К.; Миками, М.; Ягихаши, A. Жеті Allium көкөністерінде он бір дәм прекурсорларының, S-Alk(en)yl-L-цистеин туындыларының таралуы. Тамақтану ғылымы. Техн. Res. 2011, 17, 55-62. [CrossRef]
- 13. Блок, E. Allium тұқымының күкірт органикалық химиясы — күкірттің органикалық химиясына ықпалы. Ангев. Химия. Int. Ред. Ағылшын. 1992, 31, 1135-1178 жж. [CrossRef]
- 14. Гриффитс, Г.; Труман, Л.; Кроутер, Т.; Томас, Б.; Смит, Б. Пияз-Денсаулыққа жаһандық пайда. Фитотер. Рес. 2002,16, 603-615. [CrossRef]
- 15. Швиммер, С.; Вестон, В.Д.Ж. Пияздағы пирожүзім қышқылының өткірлік өлшемі ретіндегі ферментативті дамуы. Дж.Агрич. Азық-түлік хим. 1961, 9, 301-304. [CrossRef]
- 16. Кеттер, CAT; Рэндл, В.М. Пияздағы өткірлікті бағалау. жылы Зертханалық оқытуға арналған сынақтан өткен зерттеулер; Карчер, СДж, Ред.; Биологиялық зертханалық білім беру қауымдастығы (ABLE): Нью-Йорк, Нью-Йорк, АҚШ, 1998; 19-том, 177-196-беттер.
- 17. Ханельт, П. Таксономия, эволюция және тарих. жылы Пияз және одақтас дақылдар, том. I. Ботаника, физиология және генетика; Rabinowitch, HD, Brewster, JL, Eds.; CRC Press: Бока Ратон, Флорида, АҚШ, 1990; 1-26 беттер.
- 18. Рабинович, HD; Курра, Л. Allium Crop Science: соңғы жетістіктер; CABI Publishing: Уоллингфорд, Ұлыбритания, 2002 ж.
- 19. Маллор, С.; Карраведо, М.; Эстопанан, Г.; Маллор, Ф. Пияздың генетикалық ресурстарының сипаттамасы (Allium cepa L.) Испанияның екіншілік әртүрлілік орталығынан. Аралық. Дж.Агрич. Res. 2011, 9, 144-155 жж. [CrossRef]
- 20. Фериоли, Ф.; D'Antuono, LF Италия мен Украинаның жергілікті пияз және шалот ұрықтарындағы фенолдар мен цистеин сульфоксидтерін бағалау. Генет. Ресур. Crop Evol. 2016, 63, 601-614. [CrossRef]
- 21. Петропулос, SA; Фернандес, А.; Баррос, Л.; Феррейра, ICFR; Нтаци, Г. «Ватикотиконың» морфологиялық, тағамдық және химиялық сипаттамасы, Грекиядан шыққан пияз жергілікті жер. Азық-түлік хим. 2015,182, 156-163 жж. [CrossRef]
- 22. Лигуори, Л.; Адилетта Г.; Наззаро, Ф.; Фратианни, Ф.; Ди Маттео, М.; Albanese, D. Жерорта теңізі аймағындағы әртүрлі пияз сорттарының биохимиялық, антиоксиданттық қасиеттері және микробқа қарсы белсенділігі. J. Азық-түлік өлшемі. Мінез. 2019,13, 1232-1241 жж. [CrossRef]
- 23. Ю, К.С.; Пайк, Л.; Кросби, К.; Джонс, Р.; Лесковар, Д. Сорттарға, өсу ортасына және пияздың өлшемдеріне байланысты пияздың өткірлігіндегі айырмашылықтар. Ғылым. Гортик. 2006,110, 144-149 жж. [CrossRef]
- 24. Биск, Н.; Пернер, Х.; Шварц, Д.; Джордж Э.; Kroh, LW; Рон, С. Кверцетин-3, 4′-О-диглюкозид, кверцетин-4′-О-моноглюкозид және кверцетиннің генотипке әсер еткен пияз шамының (Allium cepa L.) әртүрлі бөліктерінде таралуы. Азық-түлік хим. 2010,122, 566-571. [CrossRef]
- 25. Карузо, Г.; Конти, С.; Виллари, Г.; Боррелли, С.; Мельхионна, Г.; Минутоло, М.; Руссо, Г.; Амальфитано, C. Трансплантация уақыты мен өсімдік тығыздығының пияздың өнімділігіне, сапасына және антиоксиданттық мазмұнына әсері (Allium cepa L.) Италияның оңтүстігінде. Ғылым. Гортик. 2014,166, 111-120 жж. [CrossRef]
- 26. Перес-Грегорио, MR; Регейро, Дж.; Симал-Гандара, Дж.; Родригес, AS; Альмейда, DPF Антиоксидантты флавоноидтардың көзі ретінде пияздың қосымша құнын арттыру: сыни шолу. Сын. Азық-түлік ғылымы Nutr. 2014, 54,1050-1062. [CrossRef] [PubMed]
- 27. Понл, Т.; Швейггерт, РМ; Карле, Р. Өсіру әдісі мен сорт таңдауының еритін көмірсуларға және пияздағы өткір принциптерге әсері (Allium cepa Л.). Дж.Агрич. Азық-түлік хим. 2018, 66, 12827-12835 жж. [CrossRef] [PubMed]
- 28. Тедеско, И.; Карбон, В.; Спагнуоло, С.; Минаси, П.; Руссо, GL Флавоноидтардың екі оңтүстік итальяндық сорттарының идентификациясы және сандық көрсеткіштері. allium cepa L., Tropea (қызыл пияз) және Montoro (мыс пиязы) және олардың адам эритроциттерін тотығу стрессінен қорғау қабілеті. Дж.Агрич. Азық-түлік хим. 2015, 63, 5229-5238. [CrossRef]
- 29. Вильяно, К.; Эспозито, С.; Каруччи, Ф.; Фрусианте, Л.; Карпуто, Д.; Аверсано, Р. Пияздағы жоғары өнімді генотиптеу генетикалық әртүрліліктің құрылымын және молекулалық селекция үшін пайдалы ақпараттық SNP-ны ашады. Мол. Тұқым. 2019, 39, 5. [CrossRef]
- 30. Меркати, Ф.; Лонго, С.; Пома, Д.; Аранити, Ф.; Люпини, А.; Маммано, ММ; Fiore, MC; Абенаволи, MR; Sunseri, F Итальяндық ұзақ сақталатын қызанақтың генетикалық вариациясы (Solanum lycopersicum L.) SSR және морфологиялық жеміс белгілерін қолдану арқылы жинау. Генет. Ресур. Crop Evol. 2014, 62, 721-732. [CrossRef]
- 31. Гонсалес-Перес, С.; Маллор, К.; Гарсес-Клавер, А.; Мерино, Ф.; Табоада, А.; Ривера, А.; Помар, Ф.; Перович, Д.; Сильвар, C. Пияз топтамасындағы генетикалық әртүрлілік пен сапалық белгілерді зерттеу (Allium cepa L.) Испанияның солтүстік-батысындағы ландрастар. Генетика 2015, 47, 885-900. [CrossRef]
- 32. Лотти, С.; Иовьено, П.; Центомани, И.; Маркотриджиано, AR; Фанелли, В.; Мимиола, Г.; Суммо, С.; Паван, С.; Ricciardi, L. Қырыққабаттың генетикалық, биоагрономиялық және қоректік сипаттамасы (Brassica oleracea L. var. ацефала) Оңтүстік Италиядағы Апулиядағы әртүрлілік. Әртүрлілік 2018,10, 25. [CrossRef]
- 33. Бардаро, Н.; Маркотриджиано, AR; Бракуто, В.; Мацзео, Р.; Рикарди, Ф.; Лотти, С.; Паван, С.; Рикарди, Л. төзімділіктің генетикалық талдауы Orobanche crenata (Форск.) бұршақ (Pisum sativum L.) төмен стриголактонды сызық. Дж. Өсімдік Патолы. 2016, 98, 671-675.
- 34. Вако, Т.; Цуказаки, Х.; Ягучи, С.; Ямашита, К.; Ито, С.; Шигио, М. Пиязды байлау кезінде болттау уақытының сандық белгілерінің локустарын кескіндеу (Allium fistulosum Л.). Euphytica 2016, 209, 537-546. [CrossRef]
- 35. Дакка, Н.; Мухопадхья, А.; Паритош, К.; Гупта, В.; Пентал, Д.; Прадхан, А.К. Гендік SSR анықтау және SSR негізіндегі байланыс картасын құру Brassica juncea. Euphytica 2017, 213, 15. [CrossRef]
- 36. Анандхан, С.; Моте, SR; Гопал, Дж. SSR маркерлерінің көмегімен пияздың сорттық сәйкестігін бағалау. Тұқым ғылымы. Техн. 2014, 42, 279-285. [CrossRef]
- 37. Митрова, К.; Свобода, П.; Овесна, Дж. Чехиядан пияз сорттарын саралау үшін маркер жиынтығын таңдау және валидациялау. чех Ж. Генет. Өсімдік тұқымы. 2015, 51, 62-67. [CrossRef]
- 38. Ди Риенцо, В.; Миацци, ММ; Фанелли, В.; Сабетта, В.; Монтемурро, С. Апулиандық зәйтүн гермплазмасының биоәртүрлілігін сақтау және сипаттау. Акта Хортик. 2018,1199,1-6. [CrossRef]
- 39. Маллор, С.; Арнедо-Андрес, А.; Garces-Claver, A. Испан тілінің генетикалық әртүрлілігін бағалау allium cepa микросателлиттік маркерлерді пайдалана отырып, пияз өсіруге арналған ландрасалар. Ғылым. Гортик. 2014,170, 24-31 жж. [CrossRef]
- 40. Ривера, А.; Маллор, К.; Гарсес-Клавер, А.; Гарсиа-Уллоа, А.; Помар, Ф.; Silvar, C. Пияздың генетикалық әртүрлілігін бағалау (allium cepa L.) Испанияның солтүстік-батысындағы жер нәсілдері және еуропалық өзгергіштікпен салыстыру. NZJ Crop Hortic. 2016, 44, 103-120 жж. [CrossRef]
- 41. Де Джованни, К.; Паван, С.; Таранто, Ф.; Ди Риенцо, В.; Миацци, ММ; Маркотриджиано, AR; Мангини, Г.; Монтемурро, С.; Рикарди, Л.; Лотти, C. Ноқаттың жаһандық гермплазмалық топтамасының генетикалық вариациясы (Cicer arietinum L.) оның ішінде генетикалық эрозия қаупі бар итальяндық қосылулар. Физиол. Мол. Биол. Өсімдіктер 2017, 23, 197-205 жж. [CrossRef]
- 42. Мацзео, Р.; Морджезе, А.; Соннанте, Г.; Зулуага, ДЛ; Паван, С.; Рикарди, Л.; Лотти, C. Брокколи рабесындағы генетикалық әртүрлілік (Brassica rapa L. subsp. силвестрис (Л.) Янч.) Оңтүстік Италиядан. Ғылым. Гортик. 2019, 253, 140-146 жж. [CrossRef]
- 43. Джексе, М.; Мартин В.; МакКаллум, Дж.; Хейви, М. Бір нуклеотидті полиморфизмдер, индельдер және пияз сорттарын сәйкестендіру үшін қарапайым реттілік қайталануы. Дж. Ам. Сок. Гортик. Ғылым. 2005,130, 912-917. [CrossRef]
- 44. МакКаллум, Дж.; Томсон, С.; Питер-Джойс, М.; Кенел, Ф. Генетикалық әртүрлілікті талдау және бір нуклеотидті полиморфизм маркерінің өсірілетін пияздағы экспрессивтік тег-қарапайым ретті қайталау маркерлеріне негізделген дамуы. Дж. Ам. Сок. Гортик. Ғылым. 2008,133, 810-818. [CrossRef]
- 45. Болдуин, С.; Питер-Джойс, М.; Райт, К.; Чен, Л.; МакКаллум, Дж. Пияз пиязының ішіндегі және арасындағы генетикалық әртүрлілікті бағалау үшін сенімді геномдық қарапайым реттілік қайталау маркерлерін әзірлеу (Allium cepa L.) популяциялар. Мол. Тұқым. 2012, 30, 1401-1411 жж. [CrossRef]
- 46. ДеВуди, Джа; Honeycutt, RL; Skow, LC Ақ құйрықты бұғылардағы микросателлит маркерлері. Дж. Геред. 1995, 86, 317-319. [CrossRef] [PubMed]
- 47. Ходадади, М.; Хасанпанах, Д. Иран пиязы (Allium cepa L.) сорттардың туыстық депрессияға жауаптары. World Appl. Ғылым. Дж. 2010,11, 426-428.
- 48. Абду, Р.; Бакасо Ю.; Сааду, М.; Баудоин, Жапония; Харди, ОЖ Нигер пиязының генетикалық әртүрлілігі (Allium cepa L.) қарапайым реттілік қайталау маркерлерімен (SSR) бағаланады. Акта Хортик. 2016,1143, 77-90. [CrossRef]
- 49. Паван, С.; Лотти, С.; Маркотриджиано, AR; Мацзео, Р.; Бардаро, Н.; Бракуто, В.; Рикарди, Ф.; Таранто, Ф.; Д'Агостино, Н.; Шиавулли, А.; т.б. Мәдени ноқаттағы ерекше генетикалық кластер геномдық маркерді ашу және генотиптеу арқылы анықталған. Өсімдік геномы 2017, 2017,10. [CrossRef]
- 50. Паван, С.; Маркотриджиано, AR; Сиани, Э.; Мацзео, Р.; Зонно, В.; Руджери, В.; Лотти, С.; Риккарди, Л. Қауынды генотиптеу-секвенирлеу (Cucumis melo L.) әртүрліліктің қайталама орталығынан алынған ұрық плазмасының коллекциясы әртүрлі генофондтардың генетикалық вариация үлгілері мен геномдық ерекшеліктерін көрсетеді. BMC геномы. 2017, 18, 59. [CrossRef]
- 51. Ди Риенцо, В.; Сион, С.; Таранто, Ф.; Д'Агостино, Н.; Монтемурро, С.; Фанелли, В.; Сабетта, В.; Бушеффа, С.; Таменджари, А.; Паскальоне, А.; т.б. Жерорта теңізі бассейніндегі зәйтүн популяциясы арасындағы генетикалық ағым. Құрдасы Дж. 2018, 6. [CrossRef]
- 52. Шопан, ЛД; McLay, TG Полисахаридтерге бай өсімдік тінінен ДНҚ-ны оқшаулауға арналған екі микро масштабты хаттамалар. J. Plant Res. 2011,124, 311-314. [CrossRef]
- 53. Дойл, Дж. Дойл, Дж.Л. Өсімдік ДНҚ-ның жаңа тіннен оқшаулануы. Фокус 1990,12, 13-14 жж.
- 54. Куль, ЖК; Чеунг, Ф.; Цяопин, Ю.; Мартин В.; Зьюди, Ю.; МакКаллум, Дж.; Катанах, А.; Рутерфорд, П.; Раковина, KC; Жендерек, М.; т.б. 11,008 XNUMX пияздың экспрессивті реттілік тегтерінің бірегей жиынтығы спаржалар мен полялар монокотты қатарларының арасындағы көрсетілген реттілік пен геномдық айырмашылықтарды көрсетеді. Өсімдік жасушасы 2004,16, 114-125. [CrossRef]
- 55. Ким, ХДж; Ли, HR; Хён, Джи Ю; Ән, KH; Ким, КХ; Ким, Джей; Хур, CG; Harn, SSR Finder көмегімен пияздың генетикалық тазалығын сынауға арналған CH маркерін әзірлеу. Корей J. Breed. Ғылым. 2012, 44, 421-432. [CrossRef]
- 56. Шуелке, М. ПТР фрагменттерін флуоресцентті таңбалаудың экономикалық әдісі. Нат. Биотехнол. 2000, 18, 233-234. [CrossRef] [PubMed]
- 57. Пикалл, Р.; Smouse, PE GenAlEx 6.5: Excel бағдарламасындағы генетикалық талдау. Оқыту мен зерттеуге арналған популяциялық генетикалық бағдарламалық қамтамасыз ету: жаңарту. Биоинформатика 2012, 28, 2537-2539. [CrossRef] [PubMed]
- 58. Калиновский, С.Т.; Конус, ML; Маршалл, ТК CERVUS компьютерлік бағдарламасы генотиптеу қатесін қалай қабылдайтынын қайта қарау әке болуды тағайындаудағы табысты арттырады. Мол. Экол. 2007,16, 1099-1106 жж. [CrossRef]
- 59. Притчард, Дж.К.; Стивенс, М.; Розенберг, Н.А.; Доннелли, П. Құрылымдық популяциялардағы қауымдастықтың картасы. Am. Дж. Хум. Генет. 2000, 67, 170-181. [CrossRef]
- 60. Эванно, Г.; Регно, С.; Goudet, J. Бағдарламалық құралды пайдаланып жеке тұлғалардың кластерлерінің санын анықтау ҚҰРЫЛЫМ: Имитациялық зерттеу. Мол. Экол. 2005,14, 2611-2620. [CrossRef]
- 61. Эрл, Д.; VonHoldt, B. STRUCTURE HARVESTER: STRUCTURE шығысын визуализациялауға және Эванно әдісін енгізуге арналған веб-сайт пен бағдарлама. Консерв. Генет. Ресур. 2011, 4. [CrossRef]
- 62. Такезаки, Н.; Ней, М.; Tamura, K. POPTREEW: Аллель жиілігі деректерінен популяциялық ағаштарды құруға және кейбір басқа шамаларды есептеуге арналған POPTREE веб-нұсқасы. Мол. Биол. Эвол. 2014, 31, 1622-1624. [CrossRef]
- 63. Құмар, С.; Штечер, Г.; Ли, М.; Князь, С.; Тамура, K. MEGA X. Есептеу платформаларында молекулалық эволюциялық генетикалық талдау. Мол. Биол. Эвол. 2018, 35, 1547-1549 жж. [CrossRef]